在大多數防滲工程中使用土工膜，都會感覺很方便。土工膜結構簡單，施工快速，防身效果也很好，還節省了工程造價，有很多優點。其實只要細心施工，加以正確的設計，就可以保證防滲土工膜的正常運行。但是與傳統的混凝土相比，它也有以下幾個弱點。

1、非常容易被銳利的碎石子捅穿;土工膜的強度低，如果再選擇較薄的厚度的土工膜（指0.8mm以下的厚度），所以施工時容易發生破裂。為了防止這一情況發生，在鋪設完畢后應覆蓋上25公分的土。若是鋪設在混凝土或瀝青面板上時，其上面應做好防護層保護好土工膜。

2、高聚物自身存有著脆化的難題；在低溫情況下，土工膜的性能容易脆裂。在長期暴曬下，土工膜也容易老化而失去性能，所以最好將土工膜埋于土壤或水下使用。當然也都有相應的解決辦法，即低溫情況下可以通過選擇耐低溫的品種或增加保護層的厚度來解決；若必須在暴曬環境中使用，可以在土工膜的表面覆蓋一層保護層，如土工布等。

3、土工膜會遭到到化合物、微生物菌種的沖擊；性再生料生產的土工膜遇上強酸、堿性液體時，特別是較薄的防滲膜而且又非標料生產的，那么也有被腐蝕破壞的可能。不過也不用過于擔心，這種情況一般會發生在密閉的廢棄固體或液體時（例如：鹽酸池），一般的水庫土工膜防滲工程是不會出現這種情況的。